Если организация выявила недостачу товаров еще на стадии их приема от продавца...

Если организация выявила недостачу товаров еще на стадии их приема от продавца, то она регистрирует счета-фактуры и принимает налог к вычету следующим образом:

• регистрируется первичный счет-фактура, а налог принимается по нему к вычету только в части товаров, фактически принятых на учет;
• данные выставленного в последующем корректировочного счета-фактуры, а также данные первичных документов на уменьшение стоимости отгруженных товаров в книге продаж не отражаются.
• продавец должен выставить корректирующий счет-фактуру.